A sustentabilidade como um conceito a ser aprendido, está no âmago de inúmeros debates relacionados às questões ambientais que perpassam as mudanças climáticas e seus impactos na produção de alimentos e na distribuição de renda, além de outros aspectos. Nesse sentido, a introdução aos conhecimentos da Química, da Física e da Biologia nos anos finais do ensino fundamental, pode ser auxiliada por práticas que demonstrem a interrelação das áreas e que visem desenvolver o pensamento crítico e contextualizado. Diante da dicotomia entre o desenvolvimento da Amazônia e a garantia do respeito à floresta e de seus povos tradicionais, este trabalho teve como objetivo promover o ensino transdisciplinar de ciências, utilizando como matéria-prima recursos naturais – plantas e microrganismos. A abordagem de pesquisa foi do tipo participante. Os instrumentos de coleta de dados foram dois questionários semiestruturados (inicial e final), cujos resultados foram categorizados com base na análise de conteúdo. A metodologia de ensino foi a Aprendizagem Baseada em projetos (ABP) com avaliação baseada em rubricas analíticas. Os sujeitos foram 25 alunos do 9º ano de uma escola da rede pública estadual de Manaus (AM). Os resultados indicaram que a ABP foi adequada para promover a cooperação nas decisões e ações em grupo para responder à questão motriz de cada roteiro aplicado. Essa interação gerou aprofundamento, demonstrado pelas diferenças observadas entre o diagnóstico inicial e final, assim como nas apresentações dos artefatos. Esse momento foi compartilhado com toda a comunidade escolar, com os sujeitos apresentando seus produtos preparados com óleos e extratos de plantas medicinais, microrganismos isolados do ambiente, assim como suas conclusões sobre as aulas práticas. Considera-se que a proposta possui potencial de proporcionar uma aprendizagem significativa para o contexto de ensino em que foi aplicada, podendo ser replicada para outras escolas da região com perspectivas de bons resultados.