A etiologia da obesidade tem sido atribuída a vários fatores (ambiental, dietético, estilo de vida, hospedeiro e fatores genéticos). Microbiota intestinal localizada na interface do hospedeiro e do ambiente no intestino é uma nova área de pesquisa sendo explorada para explicar o excesso de acumulo de energia em indivíduos obesos e pode ser um alvo potencial para a manipulação terapêutica para reduzir o armazenamento de energia do hospedeiro. Vários mecanismos têm sido sugeridos para explicar o papel da microbiota intestinal na etiologia da obesidade, como a produção de ácidos graxos de cadeia curta, estimulação de hormônios, inflamação crônica de baixo grau, lipoproteína e metabolismo dos ácidos biliares e aumento do tom do sistema receptor endocanabinóide. No entanto, as evidências de estudos com animais e humanos indicam claramente controvérsias na determinação da relação de causa e efeito entre a microbiota intestinal e a obesidade. Estudos baseados em metagenômica indicam que a funcionalidade em vez da composição da microbiota intestinal pode ser importante. As intervenções nutricionais, restrição calórica e probióticos, pode ser um possível alvo para intervenção, uma vez que a composição microbiana do intestino e as modificações epigenéticas são reversíveis. No entanto, o conhecimento de efeitos dietéticos específicos é limitado, como combinações complexas e interações entre os nutrientes e comensais intestino têm que ser envolvidos.