A educação sexual na sala de aula requer mais complexidade do que apenas a tradicional perspectiva “biologizante” da contracepção e prevenção a IST. Proporcionar momentos em que as alunas compreendam o contexto social em que vivem e identifiquem e combatam estigmas sociais se inserem nessa visão de educação sexual que defendemos. Em paralelo, mobilizar domínios do conhecimento científico em sequências didáticas constrói caminhos para que as estudantes vivenciem a construção do conhecimento científico por meio do uso de práticas científicas nas aulas de ciências. A partir disso, nosso grupo construiu uma sequência didática acerca do uso dos medicamentos PrEP e PEP e as políticas públicas sobre o tema no município de São Paulo. Assim, neste trabalho, evidenciamos momentos em que a sequência didática mobilizou em seu planejamento os domínios conceitual, epistêmico e social do conhecimento científico, demonstrando como eles podem ser utilizados para que práticas científicas sejam utilizadas na construção do conhecimento em sala de aula.