A presente pesquisa apresenta, como principal problemática, os desafios na formação do licenciando em Biologia para atuação no componente curricular Ciências nos anos finais do ensino fundamental, especialmente no nono ano, uma vez que, nesse referido ano, há uma ênfase maior nos conteúdos de Química e Física, tornando a prática docente ainda mais desafiadora para esses futuros profissionais. Neste sentido, pretendeu-se identificar os principais desafios enfrentados, superados ou não, pelos estudantes do curso de licenciatura em Biologia da UFRB durante suas experiências docentes em turmas do nono ano do ensino fundamental no componente curricular de Ciências. Experiências essas, que foram realizadas especialmente por meio dos estágios supervisionados e do Programa de Residência Pedagógica. Tratou-se de uma pesquisa de caráter qualitativo e descritivo, sendo a entrevista com 11 estudantes a estratégia de posse dos dados, eles foram ordenados, classificados e analisados, seguindo as orientações do ciclo de pesquisa orientados por Minayo (1992). Foi possível evidenciar que mais de 50% dos estudantes entrevistados, portanto a maioria, apresenta dificuldades para atuar em turmas do nono ano. Os desafios a superar envolvem a relação com o currículo, com o planejamento e/ou com a prática pedagógica, constatando-se ainda, que estes fatores estão estreitamente relacionados. A falta de conhecimento sobre o componente curricular, os problemas referentes ao planejamento e a carência de práticas pedagógicas, reunidos tendem a incidir diretamente no desempenho do profissional durante o desenvolvimento do trabalho pedagógico, o que repercute negativamente na aprendizagem dos estudantes da educação básica.