O ensino para a alfabetização científica vai além da simples transmissão de conceitos e teorias. É uma oportunidade para capacitar os estudantes a se tornarem cidadãos científicos ativos, capazes de tomar decisões informadas e contribuir para a sociedade. A alfabetização científica não se limita apenas à compreensão dos princípios científicos; ela também abrange a capacidade de aplicar esse conhecimento em contextos do mundo real. Isso implica ter um pensamento crítico e ético, avaliando evidências, considerando múltiplas perspectivas e tomando decisões informadas sobre questões científicas e tecnológicas. Neste contexto, a inserção de temas como os biocombustíveis se torna relevante. Os biocombustíveis são um tema atual que envolve não apenas aspectos científicos, mas também sociais, econômicos e ambientais. O debate sobre biocombustíveis permite que os alunos explorem diferentes perspectivas e aprofundem seu entendimento sobre a inter-relação entre Ciência, Tecnologia e Sociedade (CTS). A estratégia de controvérsia controlada foi adotada como método de ensino neste estudo, pois permite simular um debate real a partir de um tema socialmente relevante, onde os estudantes representam diferentes atores sociais e debatem questões relacionadas aos biocombustíveis. Além do desenvolvimento do pensamento crítico, os alunos experimentam diferentes papéis sociais e contribuem para uma discussão informada e consciente. Os resultados indicaram um aprimoramento no entendimento dos alunos sobre os biocombustíveis, abordando benefícios ambientais, desafios econômicos e sociais, e perspectivas futuras. Em suma, a estratégia de controvérsia controlada mostrou-se uma ferramenta eficaz para promover a alfabetização científica e estimular o pensamento crítico dos alunos. A continuidade e ampliação desse tipo de abordagem pedagógica podem contribuir significativamente para a formação de cidadãos mais informados e capacitados para participar ativamente das decisões relacionadas à CTS.