Este artigo objetivou analisar os desafios que perpassam a carreira de professores de ciências relacionados à Inclusão Escolar (IE) do Público-Alvo da Educação Especial (PAEE). Como metodologia foram utilizadas entrevistas semiestruturadas com oito professores de ciências da sala de aula regular da rede pública de ensino da cidade de Itajubá/MG. Os dados coletados foram analisados pelas orientações teóricas de Yin (2016). Obteve-se três frentes principais de resultados, codificados em: 1) Formação de Professores de Ciências: a racionalidade técnica e a subjetividade dos professores, na qual foram encontradas fragilidades na formação desses professores já que as políticas públicas não têm priorizado uma formação de professores para a diversidade e também no modelo de formação da racionalidade técnica, sendo assim, incentiva-se a subjetividade como mecanismo para a superação desses desafios; 2) O sofrimento docente e a IE: o que os professores de ciências relatam, em que não foram encontrados relatos de sofrimento relacionados especificamente com a atuação com o PAEE, porém, o sofrimento está relacionado a profissão de maneira geral, apresentando também diversas queixas sobre a IE como o laudo médico, a ideologização da IE e a relação família-escola, das quais poderiam ser aperfeiçoadas com um melhor conhecimento dos professores acerca da IE; 3) A relação entre o preconceito e a IE, tendo sido analisadas as manifestações de uma professora que demonstrou sua assumida resistência com a IE. Incentiva-se, a partir dos resultados desta pesquisa, uma maior relação entre a Universidade pública e a escola, para compreender as concepções dos professores de ciências acerca da IE, e, também se espera que com os resultados professores possam reconhecer suas fragilidades na atuação com o PAEE para aperfeiçoa-las.