Historicamente, a biologia tem sido ensinada de forma fragmentada na Educação Básica, o que resulta na falta de integração dos diversos conteúdos relacionados ao processo evolutivo comum que durante bilhões de anos tem deixado inúmeros rastos de uma constante, a transformação. Recentes estudos indicam que essa abordagem hegemônica do ensino da biologia deve ser compreendida de uma forma multifatorial, com diversas causas e condicionantes. Nesse sentido, o trabalho teve como objetivo analisar como e em que medida os estudos sobre a Evolução biológica se configuram como eixo estruturante do ensino-aprendizagem dos conteúdos de biologia no ensino médio em escolas públicas de São Luís - MA. A fim de compreender os diferentes fatores que se correlacionam na abordagem fragmentada da biologia, desenvolveu-se uma pesquisa qualitativa com aplicação de questionários abertos com 10 professores dessa disciplina e 50 alunos de ensino médio de duas escolas da rede pública em São Luis. Os resultados e as interpretações produzidas reafirmaram o caráter multifatorial que condiciona o ensino fragmentado da disciplina de biologia, que abrange aspectos como a alfabetização científica, a formação inicial de professores, religiosidade, estrutura socioeconômica e utilitarismo. Ademais, é possível considerar que a abordagem fragmentada do ensino da biologia tem uma identidade com os problemas estruturais da educação brasileira.