O objetivo desta pesquisa é analisar os pressupostos teóricos, identificando autores e referenciais, a fim de caracterizar as tendências teóricas que fundamentam as pesquisas sobre Recursos Didáticos na área de Ensino de Biologia nos últimos anos. Assim, com o objetivo de analisar a natureza teórica da área de Ensino de Biologia e as implicações que isto gera à sua constituição e evolução enquanto campo de pesquisa, partimos das seguintes questões de investigação: Que configurações teóricas emergem da pesquisa sobre Recursos Didáticos no Ensino de Biologia, a partir das pesquisas brasileiras em nível doutoral? Como eles projetam teoricamente a área de Ensino de Biologia no Brasil? Para responder essas questões este estudo teórico se desenvolve a partir de uma pesquisa bibliográfica, tendo como corpus de análise 24 teses de doutorado na área de Ensino de Biologia. Como resultados, foi possível identificar um total de 71 autores e coautores nacionais e estrangeiros que caracterizamos como as principais referências nas obras analisadas. Foi possível agrupar os principais referenciais em cinco categorias por área de referência: i) Ensino de Ciências/Biologia; ii) Educação; iii) Ciências Humanas; iv) Abordagens histórico-epistemológicas; e v) Abordagens teórico-metodológicas da pesquisa. A partir da análise das tendências teóricas que fundamentam as pesquisas sobre Recursos Didáticos na área de Ensino de Biologia, é possível argumentarmos que nas últimas décadas a sub-área de Ensino de Biologia tem se estruturado em torno de um arcabouço teórico próprio, levando em conta tanto a realidade educacional brasileira, quanto as especificidades do ensino dos conteúdos biológicos, e não mais fundamentam-se apenas em referências gerais da Educação, da Psicologia ou da Filosofia. Consideramos que esta é uma importante contribuição para a consolidação deste campo de produção de conhecimento e, especialmente, virá contribuir com a sua construção epistemológica e a formação inicial de pesquisadores e professores desta área.