Embora o PIBID tem contribuindo de maneira significativa para a formação docente, é mais do que esperado que os bolsistas deste programa enfrente alguns desafios que se desenvolve durante a docência. Sendo assim, estando diante de uma proposta interdisciplinar designado pelo IF Baiano Campus Santa Inês, na qual cujo objetivo é estabelecer a interdisciplinaridade entre a Biologia e a Geografia, o cumprimento desse objetivo tem sido muito desafiaodor para os bolsistas do PIBID da cidade de Jiquiriçá-BA pois os mesmos ficaram em uma escola de Ensino Médio. Levando em consideração que na última etapa da educação básica a formação dos alunos é mais voltada para a preparação para o mercado de trabalho e o Ensino Superior, as disciplinas são ainda mais individualizadas o que muitas das vezes vem dificultando o desenvolvimento da interdisciplinaridade por ter pouca ou nenhuma interação entre elas. Com isso, o presente trabalho tem como finalidade apresentar uma breve análise teórica a respeito dos desafios enfrentados por professores de Ensino Médio diante da proposta interdisciplinar entre as áreas de conhecimentos distintas.