Este artigo apresenta parte de uma pesquisa maior cujo foco foi o resgate de publicações a respeito dos contextos de ensino e aprendizagem junto aos Institutos Federais de Educação, Ciência e Tecnologia no Brasil, no período da pandemia, visando compreender como ocorreram os processos de ensino e aprendizagem remotos nestas instituições. Entre os objetivos específicos procurou-se conhecer as tecnologias e metodologias utilizadas no período em que ocorreu o ensino remoto, seus resultados positivos e suas limitações, bem como, analisar as condições de inclusão de professores e estudantes em processos de letramento digital necessários ao desenvolvimento das práticas de ensino e aprendizagem naquele momento. Desta forma, o texto aqui desenvolvido recai sobre o objetivo específico relacionado aos desafios no uso de metodologias inovadoras e tecnologias e os reflexos sobre a aprendizagem dos estudantes de EPT. Foram analisados 20 artigos, em pesquisa bibliográfica, documental, com abordagem qualiquantivativa, que trataram especificamente desta temática e entre os principais resultados encontrados estão: ausência de formação docente direcionada às novas abordagens metodológicas; dificuldades dos professores em se apropriarem das novas tecnologias e alinha-las à metodologias de ensino; adoecimento dos professores por pressão emocional e psicológica; dificuldades de acesso à internet pelos estudantes; evasão escolar; dificuldades em atendimento a estudantes com deficiência. Conclui-se que as informações obtidas e o avanço em pesquisas neste campo, favorecem a compreensão do funcionamento das estruturas educacionais responsáveis por uma série de desafios que foram enfrentados, mas deixaram evidentes as limitações que ainda perduram no contexto educacional brasileiro em relação ao uso da tecnologia em sala de aula.