A educação científica enfrenta um sério problema de descredibilidade no Brasil, principalmente nas escolas e é indispensável conectar a educação científica com a realidade dos estudantes, visando trazer significado ao seu aprendizado Diante dessa temática, o presente trabalho teve o objetivo de Apresentar um caminho possível para aproximar as Ciências da Natureza da Filosofia e a História da Ciência por meio de um relato de experiência pedagógica, a partir de dados empíricos e fundamentação teórica, advinda das vivências no PIBID-Bio UFC na EM JBS, da SME-Fortaleza Para isso, foi desenvolvida uma pesquisa de natureza qualitativa, cuja primeira parte é composta de uma pesquisa exploratória em busca de fontes teóricas que possam fomentar a crítica sobre a influência do positivismo nas Ciências da Natureza e apontar caminhos para uma aproximação com a Filosofia e História da Ciência, por meio de uma SD. Como resultados iniciais apresentamos, uma reflexão crítico-teórica e em sequência, a SD com uma proposta pedagógica composta por metodologias ativas. É possível concluir que a metodologia foi adequada para os objetivos desejados e eficaz para as necessidades dos alunos.