Diante da necessária renovação do ensino de Biologia por meio da função social de alfabetizar cientificamente os estudantes, é imprescindível a superação do ensino tradicional por um emancipatório, que resulte na promoção de aprendizagens significativas, com formação cidadã crítica e autônoma, que os efetive a participarem conscientemente de tomadas de decisões em sociedade sobre temas, que envolvam conhecimentos científicos. Para tanto, o Programa Residência Pedagógica (PRP) fomentou o subprojeto de Biologia da Universidade Estadual do Ceará (UECE), na Faculdade de Filosofia Dom Aureliano Matos (FAFIDAM), que teve como finalidade a melhoria da formação inicial, na perspectiva de desenvolver as atividades docentes de ensino centrado na alfabetização científica dos conhecimentos biológicos. A pesquisa objetivou analisar as contribuições do PRP para a formação inicial docente, no ensino de Biologia, com foco na alfabetização científica, a partir dos relatos de experiências dos residentes. Adotou-se como procedimento metodológico uma investigação de natureza básica, e quanto aos objetivos, exploratória com abordagem qualitativa. O público-alvo envolveu 15 residentes, participantes do subprojeto de Biologia da FAFIDAM/UECE. Para coleta de dados realizou-se uma pesquisa documental com análise de conteúdo, cujo objeto foram os relatórios produzidos pelos residentes com a socialização de suas experiências. Constatou-se como destaque, que as experiências vivenciadas contribuíram para a formação inicial, através da construção da identidade docente, mediante a imersão dos licenciandos, no ambiente escolar; no desenvolvimento de competências e habilidades necessárias para o exercício cotidiano das atividades docentes, na escola, e a compreensão dos seus respectivos desafios para efetivá-los; e, a promoção de uma autoavaliação sobre exercer a docência em Biologia após a conclusão da Graduação. Conclui-se que o PRP exerceu papel significativo na melhoria da formação inicial docente, promovendo compreensão crítica da realidade educacional por meio das experiências de ensino e aprendizagem em Biologia, no efetivo exercício da docência pelo residente.