O Mestrado Profissional em Ensino em Saúde é um programa que almeja alinhar a produção de conhecimentos às diretrizes do SUS, promovendo o ensino e educação em saúde mais críticos e reflexivos. Este texto tem como objetivo relatar as contribuições do programa para a qualificação dos profissionais da saúde, capacitando-os para a gestão de atividades docentes e práticas assistenciais inovadoras. Trata-se de uma pesquisa descritiva de abordagem qualitativa, baseada em relatos de experiência durante os anos de vigência do programa em uma instituição pública do Ceará. Os resultados indicaram que o aprendizado no contexto de trabalho foi essencial para o desenvolvimento de habilidades pedagógicas e práticas assistenciais inovadoras. O programa tem promovido mudanças significativas nas práticas profissionais dos participantes, alinhando-se às diretrizes do SUS e contribuindo para a implementação da Política Nacional de Educação Permanente em Saúde nas três esferas de atenção: primária, secundária e terciária. Por fim, entende-se que o Mestrado Profissional em Ensino em Saúde tem desempenhado um papel crucial na capacitação dos profissionais para a docência e na transformação de suas práticas assistenciais. O programa se mostra um instrumento fundamental para a formação de profissionais aptos a enfrentar os desafios contemporâneos na área da educação e saúde, promovendo uma prática crítica e transformadora alinhada aos princípios do SUS.