Fatores ambientais, nível socioeconômico, etnia, idade e gênero podem ser influenciadores ao engajamento/desengajamento nas práticas de atividade física na infância. Uma variável importante para a participação em atividades físicas é a competência motora, que é a capacidade de realizar as habilidades motoras fundamentais com proficiência. O processo de aquisição dessas habilidades pode acontecer por meio de experiências e programas estruturados de atividade física. O gênero parece ser uma variável associada ao desempenho de habilidades motoras, provocando diferenças de desempenho em diferentes tarefas. O objetivo desse estudo é verificar se existem diferenças no desempenho motor entre meninos e meninas que praticam atividade física sistematizada. Esse estudo analisou uma amostra representativa das crianças em idade pré-escolar da cidade do Recife. Foram incluídos nesse estudo todos os sujeitos que completaram os testes locomotores ou de controle de objetos no Test of Gross Motor Development -2 (TGMD-2) e tiveram autorização pelos pais ou responsáveis; os grupos das habilidades locomotoras foram formados por 26 meninos e 20 meninas, e os de controle de objetos foram formados por 21 meninos e 21 meninas. Posteriormente, os sujeitos foram pareados por meio de critérios de gênero, idade em meses e local de residência, formando os grupos das habilidades locomotoras [meninos, n=52, meninas, n= 40]; e controle de objetos [meninos, n= 42, meninas, n=42]. Após a verificação da normalidade foram adotados testes paramétricos e não paramétricos, e nível de significância p=0,05. Os resultados demonstraram que meninos com a prática de atividade física sistematizada apresentaram superioridades a meninos sem essa prática nas habilidades saltar obstáculo (p< 0,01), rebater (p=0,02), quicar (p= 0,05) e receber (p=0,01), além do subteste locomotor (p< 0,01). As meninas com prática de atividade física sistematizada foram superiores as meninas sem essa prática nas habilidades de salto horizontal (p=0,048), rolar (p=0,02) e no subteste de controle de objetos (p=0,02). Nosso estudo verificou que meninos e meninas respondem de maneiras diferentes a prática de atividade física sistematizada, demonstrando que essa prática contribui para o desenvolvimento motor da criança. Porém é necessário em estudos futuros analisar a especificidade da tarefa e sua influência no desenvolvimento de meninos e meninas.