O PIBID é uma Política Nacional de Formação de Professores do Ministério da Educação (MEC) que visa proporcionar aos discentes dos cursos de licenciatura sua inserção no cotidiano das escolas públicas de educação básica. O programa é constituído por ciclos formativos, tendo cada um deles duração média de 18 meses. Durante esse período, Escola e Universidade se dão as mãos em prol de possibilitar uma formação na qual a prática e a teoria caminhem junto e se constituam espaço de construção de saberes. O ciclo iniciado em 2020 sofreu os impactos da COVID-19 que instaurou o Ensino Remoto. Assim, o presente estudo tem como objetivo analisar desafios de licenciandos em Ciências Biológicas ao vivenciar o PIBID em tempos de pandemia. A pesquisa se caracteriza por uma abordagem qualitativa do tipo exploratória. A construção dos dados se deu por meio de um questionário elaborado no Google Forms, contendo o Termo de Consentimento do Uso de Dados, informações gerais acerca do período de estadia do bolsista no Programa e, ainda sobre questões voltadas aos desafios enfrentados pelos mesmos durante o período da pandemia da COVID-19. O ciclo formativo foi concluído com 14 bolsistas, contemplados no edital 2020/2022 do subprojeto de Ciências Biológicas do Campus Mata Norte, no entanto, apenas oito (8) bolsistas envolvidos responderam ao questionário. A análise de dados considerou as conceituações teórico-metodológicas defendidas por Tardif (2002), além dos fundamentos de Delizoicov, Angotti, Pernambuco (2018) e Freire (2017). Os resultados sinalizam que o PIBID é primordial para formação de professores, tendo em vista o fortalecimento da prática pedagógica. Os principais desafios enfrentados foram as condições materiais dos alunos, a adaptação das metodologias ao ensino remoto e a relação com a supervisora. A criticidade acerca da realidade, as tecnologias da informação e comunicação, a gamificação foram estratégias de superação dos desafios.