O uso da sala de aula invertida ou Flipped Classroom surge como uma estratégia metodológica que permite dinamizar o processo de ensino-aprendizagem e posiciona o estudante como protagonista o seu desenvolvimento. Neste sentido o objetivo deste trabalho foi analisar os desafios e possibilidades da sala de aula invertida no processo ensino e aprendizagem de Ciências em uma escola pública de Manaus-AM. Este estudo foi financiado pela Fundação de Amparo à Pesquisa no Estado do Amazonas (FAPEAM), e realizado na E. E Letício de Campos Dantas, localizada na cidade de Manaus- AM no ano de 2021, com alunos do 6º ano do ensino fundamental e caracterizou-se como uma abordagem qualitativa. As atividades abordaram o tema “Níveis de organização do corpo humano” e foram divididas em quatro etapas: Motivação, Reflexão, Socialização e Avaliação. A Reflexão foi a única etapa realizada totalmente à distância, e foi permeada por dificuldades que vão desde o desinteresse dos alunos a falta de acesso às tecnologias. Contudo, os resultados são positivos, pois 100% dos alunos obtiveram nota média superior a 6 pontos na avaliação. Pode-se concluir que os desafios para o desenvolvimento da sala de aula invertida são imensos, porém os esforços são recompensados ao notar o desenvolvimento da autonomia dos estudantes.