O ensino de Biologia é desafiador devido à complexidade de muitos conteúdos, considerados abstratos e de difícil compreensão. Além disso, a heterogeneidade da sala de aula apresenta-se como um aspecto a ser considerado no processo educativo em Biologia, especialmente quando se busca uma abordagem inclusiva que garanta oportunidades equitativas de aprendizagem para todos os alunos. Nessa perspectiva, este estudo, cujo objetivo é refletir sobre os desafios que comprometem o ensino inclusivo de conteúdos biológicos, surge da necessidade de compreender as barreiras existentes para que assim seja possível identificar formas de superá-las e promover práticas pedagógicas inclusivas em uma área essencial da jornada acadêmica dos estudantes. Mediante as reflexões realizadas, percebe-se que a inclusão em Biologia é comprometida devido ao apego aos livros didáticos que, na maioria das vezes, desconsideram a heterogeneidade dos indivíduos; à aplicação de tecnologias de forma excludente, isto é, sem planejamento prévio para promover a inclusão; e à limitação do ensino ao método tradicional. Além disso, barreiras atitudinais e estigmas associados às diferenças foram apontadas como obstáculos à efetivação de práticas inclusivas no ensino de Biologia. Tais fatores também contribuem para altos índices de repetência na disciplina e evasão escolar. Diante disso, percebe-se a urgência de promover abordagens que superem os desafios supracitados, visando um ensino de Biologia de qualidade onde o direito à educação seja efetivamente garantido para todos.